Στη Ζάκυνθο έχουν καταγραφεί 100 περίπου σημαντικά είδη απο τα οποία 30 χαρακτηρίζονται ως ελληνικά ενδημικά και 13 ως υπενδημικά (περιορισμένη εξάπλωση στην Ελλάδα και συναντώνται και σε μια άλλη χώρα (π.χ. Crocus boryi) ή βαλκανικά ενδημικά (π.χ. Fritillaria messanensis subsp. gracilis) και 3 τοπικά ενδημικά.
Στην προστατευόμενη περιοχή, οι αντίστοιχοι αριθμοί διαμορφώνονται σε 53 σημαντικά είδη, 18 ελληνικά ενδημικά και 7 υπενδημικά, καθώς και 3 τοπικά ενδημικά της Ζακύνθου. Από τα είδη που έχουν καταγραφεί 35 υπόκεινται σε καθεστώς προστασίας, περιλαμβανομένων των τοπικών ενδημικών της Ζακύνθου (Asperula naufraga - κινδυνεύον, Limonium phitosianum - τρωτό, Limonium zacynthium – τρωτό) και του Arenaria peloponnesiaca (τρωτό).
47 είδη ορχιδέας και κυκλαμίνων εξαπλώνονται σε διάφορες περιοχές και τέσσερα από αυτά είναι σπάνια ή σχεδόν απειλούμενα στην Eλλάδα (Ophrys reinholdii, Ophrys ferrum-equinum subsp. Gottfriediana, Orchis laxiflora, Orchis palustris). Επιπλέον, το στενοενδημικό είδος Serapias ionica, έχει χαρακτηριστεί ως «σχεδόν απειλούμενο» (NT– IUCN).